制作した商品の著作権はどういう扱いになりますか?

申請して制作した製品の著作者は、申請者ご本人です。

「商用可能素体」そのものの権利は YOYOGI MORI に継続して保持されます。

「商用可能素体」をそのまま転売したり、申請をせずに新たな商品のベースとして使用することはできません。